L’intervention du commissaire aux comptes a une vertu préventive. Ainsi le commissaire aux comptes exerce sa mission de manière ininterrompue sur la durée du mandat et dans une perspective de long terme, avec l’objectif de contribuer à la prévention des difficultés éventuelles de l’entité qu’il audite.
S’il ne peut conseiller un dirigeant, il se doit d’identifier à travers un dialogue avec lui et une analyse régulière de l’activité, la nature des risques qui pourraient avoir une incidence sur la continuité d’exploitation de la société. Il doit faire preuve d’une vigilance permanente afin d’être en mesure d’identifier les éventuelles incertitudes ou des difficultés économiques, que pourrait rencontrer la société et, le cas échéant, demander des informations complémentaires à l’expert-comptable ou au dirigeant.
Il ne peut s’immiscer dans la gestion de l’entreprise, mais il a un rôle d’information sur les moyens disponibles et de prévention.

Ce dialogue a également un rôle pédagogique : il permet au dirigeant de prendre conscience de ses responsabilités financières, juridiques, sociales et environnementales.

Si le commissaire aux comptes constate l’existence de faits de nature à compromettre la continuité de l’exploitation, il doit en informer le dirigeant puis, le cas échéant, le conseil d’administration. Si la société ne met pas en place des mesures efficaces pour améliorer la situation, il doit alors, selon le cas, prévenir le président du tribunal de commerce ou du tribunal judiciaire. Enfin, un rapport spécial devra être communiqué à l’assemblée générale afin d’informer les actionnaires sur les difficultés rencontrées.
La procédure d’alerte est normée et se déroule par phases successives graduelles. Elle peut être interrompue par le commissaire aux comptes à chaque étape lorsqu’il estime que des actions correctrices suffisantes ont été prises ou que des solutions aux difficultés financières ont été trouvées.

Qu’elle révèle un dysfonctionnement important dans une procédure interne pour la continuité d’exploitation ou qu’elle soit de nature purement financière, la procédure d’alerte fait du commissaire aux comptes un des moteurs d’anticipation et de prévention de la conduite des affaires.

La procédure d’alerte peut être également interrompue lorsqu’une procédure de conciliation ou de sauvegarde a été engagée par le dirigeant.

Complétées par la loi de sauvegarde votée en 2005, ces procédures facilitent la réorganisation d’une entité afin de garantir la poursuite de l’activité, le maintien des emplois et l’apurement des passifs, avant cessation de paiement. Avec la crise économique, elles trouvent une actualité forte et peuvent aider les dirigeants à éviter les dépôts de bilan et leurs possibles dégâts collatéraux (pertes d’emplois, faillites induites des fournisseurs).